Ahora pereces a causa de tu profesión: por ello voy a enterrarte con mis propias manos»), Zaratustra descubre una nueva verdad: no se debe hablar al pueblo. Desde ahora «cantaré, dice, mi canción para los eremitas solitarios o en pareja; y a quien todavía tenga oídos para oír cosas inauditas voy a abrumarle el corazón con mi felicidad». Zaratustra se retira otra vez a la montaña, y así acaba «el Prólogo de Zaratustra».

La primera parte comienza con un discurso sobre las tres transformaciones: cómo el espíritu se convierte en camello, y el camello en león y el león por fin, en niño. El tema central de esta primera parte es la muerte de Dios. Ese peso debe dejar de abrumar al hombre, a fin de que éste pueda conquistar, no «el otro mundo», sino este mundo suyo. Siguen luego ataques contra las virtudes que actúan como adormideras («el sueño del justo»), contra los trasmundanos («esos ingratos que se imaginaron estar sustraídos a su cuerpo y a esta tierra»), contra los que desprecian el cuerpo y predican la muerte, etcétera. Entre estos discursos de tipo doctrinal, algunos -como el titulado «Del árbol de la montaña»- describen las peregrinaciones y diálogos de Zaratustra con aquellos pocos a quienes quiere convertir en discípulos suyos. Los capítulos dedicados a la amistad, al matrimonio, a las mujeres («¿Vas con mujeres? ¡No olvides el látigo!») ofrecen una serie de vivencias personales de Nietzsche, algunas reconocibles en su biografía, pero superadas y elevadas a un plano general. Al final Zaratustra predica «la muerte libre» para los superfluos, y acaba contraponiendo a las falsas virtudes combatidas la imagen de la virtud futura: la virtud que hace regalos. En las últimas líneas Zaratustra se despide de sus discípulos y vuelve a su soledad. «Ahora os ordeno que me perdáis a mí y que os encontréis a vosotros. Y sólo cuando todos hayáis renegado de mí, volveré entre vosotros».

Al comienzo de la segunda parte Zaratustra se encuentra en la montaña aguardando a que la semilla plantada por él dé sus frutos. Se impacienta, a causa de la sobreabundancia de su sabiduría; y un amanecer tiene un sueño: la doctrina predicada por él está siendo desfigurada. Ha perdido a sus amigos, y tiene que ir a buscarlos de nuevo. «Sí, también os asustaréis vosotros, amigos míos, a causa de mi sabiduría salvaje; y tal vez huyáis de ella juntamente con mis enemigos». Ese tal vez sostiene su esperanza. No es seguro que sus discípulos vayan a abandonarle. El tema básico que resuena, abierta o escondidamente, en la segunda parte, es la voluntad de poder. Por ello los primeros capítulos son ataques contra quienes con su enseñanza se oponen a esa voluntad. Los compasivos, los sacerdotes, los virtuosos, los sabios famosos, la chusma, las tarántulas: todos ellos sienten aversión contra la vida y su esencia. Están dominados por el espíritu de la venganza. De repente, surgen tres capítulos de tono lírico, «La canción de la noche», «La canción del baile» y «La canción de los sepulcros». Y tras ellos aparece el esbozo del hombre que se libera del espíritu de venganza contra la vida. "De los grandes acontecimientos» nos informa de los viajes y andanzas de Zaratustra, así como también lo hace el capítulo dedicado a la «redención», en que Zaratustra dialoga con los lisiados y mendigos. El capítulo final de esta parte hace emerger, como un monstruo, el pensamiento del eterno retorno. Zaratustra «grita de terror» ante él. No quiere decirlo; se muestra obstinado y calla a pesar de todos los requerimientos. «Yyo reflexioné durante largo tiempo y temblaba. Pero acabé por decir lo que había dicho al comienzo: "No quiero"». Por la noche se marcha solo y abandona a sus amigos.

La tercera parte constituye la culminación de la obra.